Le site se trouve sur le littoral nord-est du pays, dans l’État de Maranhao. Il possède une riche biodiversité dans un ensemble complexe d’écosystèmes, notamment des cours d’eau, leurs plaines d’inondation et leurs estuaires, des forêts riveraines, des marécages et des lagunes. Cette mosaïque fait de la Zone de protection de l’environnement une unité de conservation extrêmement importante car elle permet le déroulement de processus écologiques à grande échelle et abrite une zone de mangroves qui régule les stocks de poissons locaux. Les plaines d’inondation fertiles offrent des sites de repos, de nourrissage et de nidification à plus de 20 espèces d’oiseaux d’eau résidents ou migrateurs. Le site est aussi important pour la conservation d’espèces vulnérables au plan mondial telles que le paresseux à crinière (Bradypus torquatus), le lamantin des Antilles (Trichechus manatus) et l’amazone de Prêtre (Amazona pretrei). Baixada Maranhense est placée sur la voie de migration des dauphins et de plusieurs espèces de poissons et le site sert de refuge aux populations de reptiles et aux populations natives de mammifères. L’agriculture, extensive et intensive, est la plus grave menace pour le site, avec la déforestation, l’érosion et la sédimentation des cours d’eau dans les zones environnantes.