El sitio de La Brenne está integrado por una meseta con páramos, praderas, landas, zonas boscosas, pastizales secos y muchos lagos y estanques; en 2016 se contabilizaron unos 3 000 estanques dentro de sus límites. Esta gran variedad de hábitats sustenta una gran biodiversidad, con varias especies de aves, libélulas, anfibios y reptiles tales como el galápago europeo, que es uno de los símbolos principales del sitio. También alberga más del 1 % de las poblaciones biogeográficas del fumarel cariblanco (Chlidonias hybrida) y el porrón europeo (Aythya ferina), clasificado como vulnerable a escala mundial. Atrae a más de 23 000 aves invernantes en enero. Entre las actividades humanas figuran la agricultura, la silvicultura, la caza y el turismo de naturaleza. La acuicultura y la agricultura son muy importantes para el sitio desde hace mucho tiempo, ya que las masas de agua existentes fueron creadas en la Edad Media para fines de riego y pesca. La ganadería tiene un impacto sobre las zonas abiertas, y se considera que proyectos de desarrollo en las zonas circundantes y construcciones nuevas en el sitio constituyen posibles amenazas.