El Sitio está ubicado en el río Paraná, en el límite de los estados de Paraná y Mato Grosso do Sul, cerca de la frontera con Paraguay. Está compuesto por aproximadamente 180 islas, así como bancos de ríos, estanques naturales y marismas de agua dulce. El Parque Nacional protege dos tipos de ambiente que ahora son raros y degradados en el medio-sur brasileño: bosques ribereños y llanuras de inundación. Además de la belleza escénica, estas áreas son lugares importantes de reproducción y alimentación para varias especies de peces. También alberga varias especies en peligro de extinción, incluyendo el ciervo del pantano Blastocerus dichotomus, símbolo del Parque Nacional, el mono aullador marrón Alouatta fusca y la zarigüeya de cuatro ojos del sudeste Philander frenata, que es endémica del Bosque Atlántico. Los incendios, la caza y la introducción de especies exóticas presentan amenazas para el Sitio.