Este sitio, situado en los tramos altos del río Kotra junto a la frontera con Lituania, está compuesto por llanuras de inundación con bosques anegados y praderas, turberas altas, turberas de transición y de gramíneas y una red de canales invadidos por la vegetación. Alberga unas 635 especies de plantas vasculares y 156 especies de vertebrados. La diversidad de los hábitats naturales y la inaccesibilidad de los humedales crean condiciones favorables para muchas especies vegetales y animales poco comunes incluidas en la Lista Roja nacional, tales como el águila pomerana (Aquila pomarina) y la cigüeña negra (Ciconia nigra), que utilizan el sitio como lugar de reproducción y alimentación. El sitio realiza importantes funciones de protección y regulación hídrica para el complejo de humedales transfronterizos. Se han descubierto restos de asentamientos de las edades de Piedra y de Bronce, así como numerosas necrópolis, y también hay un monumento importante a la Segunda Guerra Mundial. Además, hay un centro de información, un sendero ecológico y dos rutas turísticas. El sitio se utiliza con fines silvícolas y también para el pastoreo de ganado, la producción de heno, la agricultura, la caza y la recolección de bayas y setas. Las principales amenazas para sus características ecológicas están relacionadas con el drenaje, la construcción de diques, la reforestación, los incendios, el sobrepastoreo, la caza furtiva y los cambios en el régimen hidrológico a consecuencia de los sistemas de mejora hídrica en las zonas aledañas. Se preparó un plan de gestión en 2015 y se prevé la ejecución de actividades prioritarias de gestión para 2018-2020.

Junto con el sitio Ramsar de Cepkeliai, en Lituania (sitio núm. 625), el sitio Ramsar de Kotra forma parte del sitio transfronterizo de Kotra-Cepkeliai, creado en 2010.